Porucznik komandor Mike Dahlgren (Bill Paxton) jest dowódcą S-33, starej, amerykańskiej łodzi podwodnej jeszcze z czasów I wojny światowej. Pomimo tego, że łódź jest prymitywna i stale zdarzają się na niej awarie, we właściwych rękach wciąż jest śmiercionośnym narzędziem. Porucznik Andrew Tyler jest pierwszym oficerem, zastępcą Dahlgrena. Choć nie otrzymał oczekiwanego awansu na dowódcę własnej łodzi, jego obowiązkowość bierze górę nad urażoną dumą i Tyler wraca na starą łodź. Na łodzi dołączają do niego jego przyjaciele oficerowie porucznik Pete Emmett (Jon Bon Jovi) i Ensign Larson (Matthew Settle). Wśród ludzi zaokrętowanych na S-33 znajdują się Chief Klough (Harvey Keitel), radiotelegrafista Wentz (Jack Noseworth), kucharz Eddie (T.C. Carson), Trigger (Thomas Guiry), Mazzola (Erik Palladino), Tank/Czołg (Dave Power), Griggs (Derk Cheetwood), i Rabbit/ Królik (Will Estes). Ci zwykli ludzie, niektórzy świeżo po ukończeniu szkoły, rozpoczynają misję bardziej niebezpieczną i przerażającą niż mogli sobie kiedykolwiek wyobrazić. Ich bagaż jest wielkim ładunkiem pak o nieznanej zawartości... zawartości, która nie może być ujawniona, dopóki łódź nie opuści wód terytorialnych Ameryki. Gdy S-33 jest na pełnym morzu, misja zostaje wyjawiona. Jak koń trojański z greckiej mitologii, ich okręt zostaje zamaskowany by udawać U-boat. Udając Niemców, mają wejść na pokład niemieckiej łodzi podwodnej i zdobyć Enigmę, bezcenną, ściśle tajną maszynę kodującą. Misja musi być wykonana w całkowitej tajemnicy, ponieważ zdobycie Enigmy bez wiedzy wroga jest jedynym sposobem w jaki wywiad aliantów może odszyfrować ruchy Niemców i położyć koniec wielkim stratom zadawanym konwojom transportującym zaopatrzenie przez ocean. Jeśli wszystko pójdzie zgodnie z planem, niemiecka łódź podwodna zostanie zniszczona, jeńcy zabrani do Stanów, a wróg nigdy nie dowie się o ich tajnej zdobyczy. Nieoczekiwany splot okoliczności powoduje, iż grupa marynarzy amerykańskich zostaje uwięziona w niemieckiej łodzi podwodnej, w głębi nieprzyjaznych wód, z głównym problemem - jak obsługiwać obcą łódź. Los tych dziewięciu zwykłych ludzi, tak jak i wynik ich misji, będzie ostatecznie zależał od ich braterstwa, instynktu, walki z czasem i umiejętności pokonania własnych lęków. Teraz, gdy Ameryka przyłączyła się do walk w II wojnie światowej, łódź otrzymała jeszcze raz szansę udowodnienia swojej wartości.